Die Klosterkirche aus dem späten 12. Jh. betritt man durch ein steingerahmtes romanisches Rundbogenportal, ein hervorragendes Beispiel für die hoch stehende Technik der Steinmetzarbeit dieser Zeit. Im Tympanon befindet sich die „schöne Madonna“ aus dem Anfang des 15. Jh.s, ein herausragendes Werk der Gotik, des weichen Stils“. Die Gottesmutter reicht dem Jesusknaben einen Apfel.“. In der Zeit von 1643 und 1648 unter Abt Jakob Grafinger erhielt die Kirche das heutige barocke Aussehen. Das Querschiff wurde abgetrennt und in eine Sakristei, einen Betchor und die Prälatenkapelle umfunktioniert. Auch die Seitenschiffe erhielten Zwischenwände, um Seitenkapellen zu gewinnen. Zur besseren Belichtung des Raumes hat man die romanischen schmalen Rundbogenfenster vergrößert. Die Stuckarbeiten im Renaissancestil wurden von Florian Nuth aus Innsbruck und Frater Paul Bock SJ ausgeführt.

MESS- und GEBETSZEITEN

Das Wort Krypta bedeutet verborgener Raum, Gruft, ein halbunterirdischer Raum, in dem Reliquien aufbewahrt und Stifter von Kirchen und Klöstern bestattet wurden. Die Krypta von Marienberg wurde im Jahr 1160 vom sel. Adalgott, Bischof von Chur, geweiht und diente als erster Gottesdienstraum für das Chorgebet und die Feier der Heiligen Messe.

Nach Umbauarbeiten im Jahre 1643 diente die Krypta als Bestattungsort für die Mönche. 1980 wurden die Grufteinbauten entfernt und die über Jahrhunderte verdeckten Fresken kamen in ihrer ganzen Leuchtkraft zum Vorschein.

Es ist dies eines der größten Zeugnisse romanischen Kunstschaffens im Alpenraum. Aber nicht nur die künstlerische Qualität der Fresken besticht, auch der spirituelle Ausdruck dieses Werkes ist einzigartig. 
Am 11. August 1992 besuchte Papst Benedikt XVI, damals Kardinal Joseph Ratzinger, die Abtei Marienberg und feierte in der Krypta einen Gottesdienst.

Aus Rücksicht auf den Erhaltungszustand ist die Krypta nur mehr in den Sommermonaten, jeweils von Montag bis Samstag (ausgenommen Feiertage) zugänglich: Im Monat Mai um 15.00 Uhr zur Führung und von Juni bis Oktober zum Abendgebet, der Vesper, um 17.30 Uhr (keine Reservierung möglich). Wir danken für Ihr Verständnis.