„Die Bibliothek, in mehrere Räume verteilt, nach verwandten Gruppen, eine schier betäubende Anhäufung würdiger, entlegener, verschollener Folianten, ein reichstes Aufgebot seltensteter Sammelwerke, eine schwere Versuchung für jeden Bibliophilen, eine Verführung, hier sich einzunisten für Wochen  und Wochen, für eine über Winter und Frühling hinaus gedehnte Lesefrist. Alte wuchtige Schatten steigen: Beda Weber, Pius Zingerle, Ex libris, Zeitschriften, Raritäten an Heiligenbildlein, an vergilbten Druckwerk aller Art erheischte Stunden, Tage. Welche Schätze wären aus diesen Truhen noch zu heben!“ (Der Schlern 10,S.300)

Diese Beschreibung der Marienberger Bibliothek von 1927 des Professors Paul Rossi trifft auch heute noch zu, da sich seitdem in den Räumlichkeiten nicht viel verändert hat. Die Geschichte der Bibliothek liegt vor 1700 weitgehend im Dunkeln. Erst zu Beginn des 18. Jahrhunderts können nähere Angaben gemacht werden über Anzahl und Inhalt der Bücher infolge des Katalogs, der anlässlich der Klosteraufhebung 1808 angefertigt wurde. Einen großen Aufschwung erlebte die Bibliothek mit der Wiedererrichtung des Stiftes im Jahre 1816. Ebenfalls an Bedeutung erlangte das klostereigene Benediktinergymnasium, aus denen berühmte Professoren hervorgegangen sind: Beda Weber (1798 – 1858); Pius Zingerle (1801-1881); Albert Jäger (1801 – 1891). Sowohl die Nachlässe der genannten Professoren (ausgenommen der von Beda Weber) als auch die Schüler und Lehrerbibliothek des im Jahre 1928 vom Kloster geschlossenen Meraner Benediktinergymnasiums wurden der Klosterbibliothek einverleibt. Heute befinden sich in der Bibliothek ca. 90.000 Bücher, welche in fünf Räumen im Untergeschoss und in zwei weiteren Räumen innerhalb der Klausur (Handbibliothek) und außerhalb der Klausur (Studienbibliothek mit Schwerpunkt Geschichte) sich befinden.

Der Großteil der Bücher ist durch einen Autorenkatalog in Zettelform erschlossen.

Seit 2011 wird der Marienberger Buchbestand elektronisch durch das Projekt 'Erschließung Historischer Bibliotheken' erfasst, das durch die Stiftung Südtiroler Sparkasse finanziert wird.